| Černý R. & Husák Š. 2006: Společenstva s Coleanthus subtilis v Biosferické rezervaci Třeboňsko. In: Kučera T. et Navrátilová J.(eds.) Biotopy a jejich vegetační interpretace v ČR., Ed. Česká bot. společ., Praha, 51 - 60. |
| Dítě D., Navrátilová J., Hájek M., Valachovič M. & Pukajová D. 2006: Habitat variability and classification of Utricularia communities: comparison of peat depressions in Slovakia and the Třeboň basin. Preslia 78, 331 - 343. |
| Doležal J., Šmilauerová M. & Lepš J. 2006: Obnova druhově bohatých společenstev na opuštěné orné půdě - projekty CLUE a Tlinks. Zprávy ČBS, 199 - 207. |
| Doležal J., Šrůtek M., Hara T., Sumida A., & Penttila T. 2006: Neighborhood interactions influencing tree population dynamics in nonpyrogenous boreal forest in northern Finland. Plant Ecology 185, 135 - 150. |
| Hejcman M., Dvořák I.J., Kociánová M., Pavlů V., Nežerková P., Rauch O. & Jeník J. 2006: Snow depth and vegetation pattern in a late-melting snowbed analyzed by GPS and GIS in the Giant Mountains, Czech Republic. Arctic Antarctic and Alpine Research 38, 90 - 98. |
| Hejcman M., Pavlů V., Hejcmanová P., Gaisler J., Hakl J. & Rauch O. 2006: Farmer decision making and its effect on subalpine grassland succession in the Giant mts.,Czech republic. Acta Societatis Botanicorum Poloniae 75, 165 - 174. |
| Husák Š., Hájek T., Krčilová J. & Navrátilová J 2006: Macrophyte vegetation of the Elbe River and its significance for bioindication. Project Elbe IV: 2003–2006. T. G. Masaryk Water Research Institute, 73 - 83. |
| Jedlička J. & Prach K. 2006: A comparison of two North-American asters invading in central Europe. Flora 201, 652 - 657. |
| Jonášová M., van Hees A. & Prach K. 2006: Rehabilitation of monotonous exotic coniferous plantations: A case study of spontaneous establishment of different tree species. Ecological Engineering 28, 141 - 148. |
| Klimeš L. 2006: A new Umbopilio species from Assam, NE India (Opiliones: Sclerosomatidae: Gagrellinae). 1325, 147 - 156. |
| Klimešová J. 2006: Jak se stonky dostávají pod zem. Živa 2006, 249 - 251. |
| Kučera T. & Navrátilová J. 2006: Biotopy a jejich vegetační interpretace v ČR. Česká botanická společnost, Praha, 1 - 128. |
| Lanta V., Hejcman M. & Svobodová P. 2006: Poznámky k výskytu významějších rostlinných taxonů v nelesní části západních Krkonoš (ochranné pásmo KRNAP). Práce a studie 13, 115 - 126. |
| Lanta V., Mach J. & Holcová V. 2006: The effect of dam construction on the restoration succession of spruce mires in the Giant Mountains (Czech Republic). Annales Botanici Fennici 43, 260 - 268. |
| Martínková J., Klimešová J. & Mihulka S. 2006: Vegetative regeneration of biennial Oenothera species after disturbance: field observations and experiment. Flora 201, 287 - 297. |
| Navrátilová J., Kučerová A. & Navrátil J. 2006: Problematika mapování rašelinných borů v České republice. In: Kučera T. et Navrátilová J., Biotopy a jejich vegetační interpretace v ČR, ČBS, Praha, 77 - 90. |
| Navrátilová J., Navrátil J. & Hájek M. 2006: Relationships between environmental factors and vegetation in nutrient-enriched fens at fishpond margins. Folia Geobotanica 41, 353 - 376. |
| Plachno J., Adamec L., Lichtscheidl I.K., Peroutka M. & Adlassnig W., Vrba J. 2006: Fluorescence labelling of phosphatase activity in digestive glands of carnivorous plants. Plant Biology 8, 813 - 820. |
| Prach K. 2006: Ekologie obnovy jako mladý obor a uplatnění botaniky v něm. Zprávy České botanické společnosti, Materiály 41/M.21, 13 - 22. |
| Prach K. 2006: Příroda pracuje zadarmo. technické nebo přírodní rekultivace? Vesmír 85, 272 - 277. |