| Peksa O., Svoboda D., Palice Z., Dětinský R. & Zahradníková M. 2004: Lišejníky. In: Papáček M. (ed.) Biota Novohradských hor: modelové taxony, společenstva a biotopy. Jihočeská Univerzita v Českých Budějovicích, 100 - 104. |
| Peksa O., Svoboda D., Palice Z., Dětinský R. & Zahradníková M. 2004: Tabulka přehledu lišejníků nalezených v Novohradských horách. In: Papáček M. (ed.) Biota Novohradských hor: modelové taxony, společenstva a biotopy. Jihočeská Univerzita v Českých Budějovicích., 293 - 297. |
| Réblová M. 2004: Four new species of Chaetosphaeria from New Zealand and redescription of Dictyochaeta fuegiana. Studies in Mycology 50, 171 - 186. |
| Réblová M., Mostert L., Gams W. & Crous P.W. 2004: New genera in the Calosphaeriales: Togniniella and its anamorph Phaeocrella, and Calosphaeriophora as anamorph of Calosphaeria. Studies in Mycology 50, 533 - 550. |
| Réblová M. & Seifert K.A 2004: Conioscyphascus, a new ascomycetous genus for holomorphs with Conioscypha anamorphs. Studies in Mycology 50, 95 - 108. |
| Réblová M. & Seifert K.A. 2004: Cryptadelphia (Trichosphaeriales), a new genus for holomorphs with Brachysporium anamorphs, and clarification of the taxonomic status of Wallrothiella. Mycologia 96, 343 - 367. |
| Sádlo J. & Pyšek P. 2004: Zelení cizinci a nové krajiny 4. Zelení cizinci přicházejí: hříčky, hry a dramata. Vesmír 83, 200 - 206. |
| Suda J. 2004: Genome size variation in Central European species of Cirsium (Compositae) and their natural hybrids.. |
| Suda J., Malcová R., Abazid D., Banaš M., Procházka F., Štech M. & Šída O. 2004: Cytotype distribution in Empetrum (Ericaceae) at various spatial scales in the Czech Republic. Folia Geobotanica 39, 161 - 171. |
| Suda J., Plačková I. & Rosenbaumová R. 2004: Variation in Lamium subg. Galeobdolon (Lamiaceae) – insights from ploidy levels, morphology and isozymes.. |
| Uhlemann I., Kirschner J. &Štěpánek J. 2004: The genus Taraxacum (Asteraceae) in the Southern Hemisphere. I. The section Antarctica Handel-Mazzetti and notes on dandelions of Australasia. Folia Geobotanica 39, 205 - 220. |
| Vondrák J. & Palice Z. 2004: Lichenologicky významná lokalita Zábrdská skála v prachatickém Předšumaví. Bryonora 33, 22 - 26. |
| Zahradnický J., Mackovčin P. (eds.) & kol. 2004: Plzeňsko a Karlovarsko. In: Mackovčin P. a Sedláček M. (ed.) Chráněná území ČR, svazek XI. AOPK ČR a EkoCentrum Brno, Praha. |
| Albrecht J. 2003: Českobudějovicko. In: Mackovčin P. & Sedláček M. (eds.): Chráněná území ČR, svazek VIII. AOPK ČR a EkoCentrum Brno, 808 pp.AOPK ČR & EkoCentrum Brno, 593 - 594. |
| Drábková L., Kirschner J., Seberg, O., Petersen, G. & Vlček Č. 2003: Phylogeny of the Juncaceae based on rbcL sequences, with special emphasis on Luzula DC. and Juncus L. 240, 133 - 147. |
| Kaplan Z. & Štěpánek J. 2003: Genetic variation within and between populations of Potamogeton pusillus agg. Plant Systematics and Evolution 239, 95 - 112. |
| Kirschnerová L. &
Kirschner J. 2003: Změny v rozšíření Gentianella lutescens subsp. lutescens a subsp. carpatica v České republice. Zprávy České botanické společnosti 38, 205 - 216. |
| Krahulcová A. 2003: Chromosome numbers in selected monocotyledons (Czech Republic, Hungary, and Slovakia. Preslia 75, 97 - 113. |
| Liška J. 2003: Lišejníky. Baset, Praha, 195 - 204. |
| Liška J. 2003: Odpověď na každou otázku. Vesmír 82, 209 - 209. |