Doktorské studijní programy uskutečňované ve spolupráci s vysokými školami v BÚ AV ČR
V souladu se zákonem č. 111/1998 Sb. o vysokých školách uskutečňují pracoviště AV ČR doktorské studijní programy. Přehled akreditovaných programů obsahuje název vysoké školy, s níž má BÚ AV ČR uzavřenu dohodu o spolupráci při uskutečňování doktorského studijního programu, název programu a názvy jednotlivých oborů.
(A) = možnost studia v angličtině
| Dohoda s VŠ | Název programu |
| PřF JU České Budějovice | Botanika |
| PřF UK Praha | Anatomie a fyziologie rostlin (A) |
| PřF UK Praha | Botanika (A) |
| PřF UK Praha | Ekologie (A) |