| Kaplan Z. 2013: Potamogeton gramineus L. - rdest trávolistý. (Potamogeton gramineus.) - In: Lepší P., Lepší M., Boublík K., Štech M. & Hans V. (eds.) Červená kniha květeny jižní části Čech, Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, České Budějovice, 325 - 325. |
| Kaplan Z. 2013: Potamogeton lucens L. - rdest světlý. (Potamogeton lucens.) - In: Lepší P., Lepší M., Boublík K., Štech M. & Hans V. (eds.) Červená kniha květeny jižní části Čech, Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, České Budějovice, 325 - 326. |
| Kaplan Z. 2013: Potamogeton nodosus Poi. - rdest uzlinatý. (Potamogeton nodosus.) - In: Lepší P., Lepší M., Boublík K., Štech M. & Hans V. (eds.) Červená kniha květeny jižní části Čech, Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, České Budějovice, 326 - 326. |
| Kaplan Z. 2013: Potamogeton obtusifolius Mert. & W. D. J. Koch. - rdest tupolistý. (Potamogeton obtusifolius.) - In: Lepší P., Lepší M., Boublík K., Štech M. & Hans V. (eds.) Červená kniha květeny jižní části Čech, Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, České Budějovice, 327 - 327. |
| Kaplan Z. 2013: Potamogeton perfoliatus L. - rdest prorostlý. (Potamogeton perfoliatus.) - In: Lepší P., Lepší M., Boublík K., Štech M. & Hans V. (eds.) Červená kniha květeny jižní části Čech, Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, České Budějovice, 327 - 327. |
| Kaplan Z. 2013: Potamogeton praelongus Wulfen. - rdest dlouholistý. (Potamogeton praelongus.) - In: Lepší P., Lepší M., Boublík K., Štech M. & Hans V. (eds.) Červená kniha květeny jižní části Čech, Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, České Budějovice, 327 - 328. |
| Kaplan Z. 2013: Potamogeton trichoides Cham. & Schltdl. - rdest vláskovitý. (Potamogeton trichoides Cham. & Schltdl.) - In: Lepší P., Lepší M., Boublík K., Štech M. & Hans V. (eds.) Červená kniha květeny jižní části Čech, Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, České Budějovice, 328 - 328. |
| Kaplan Z. & Fehrer J. 2013: Molecular identification of hybrids from a former hot spot of Potamogeton hybrid diversity. Aquatic Botany 105, 34 - 40. doi:10.1016/j.aquabot.2012.11.002 |
| Kaplan Z., Jarolímová V. & Fehrer J. 2013: Revision of chromosome numbers of Potamogetonaceae: a new basis for taxonomic and evolutionary implications. Preslia 85, 421 - 482. |
| Kaplan Z. & Reveal J. L. 2013: Taxonomic identity and typification of selected names of North American Potamogetonaceae. Brittonia 65, 452 - 468. doi:10.1007/s12228-012-9299-0 |
| Kučera J. & Kaplan Z. 2013: Příspěvky ke květeně východních Čech. 4. (A contribution to the flora in Eastern Bohemia. 4.) Východočeský botanický zpravodaj 13, 18 - 22. |
| Pyšek P., Hájek M. & Kaplan Z. 2013: Oligotrophic wetlands: history, recent variability and restoration. Preslia 85, 209 - 420. |
| Samková V. & Kaplan Z. 2013: Botanická exkurze do lesů v okolí Lišic na Chlumecku. (.) Východočeský botanický zpravodaj 13, 13 - 18. |
| Aymerich P., Kaplan Z., Guardiola M., Petit A. & Schwarzer U. 2012: Potamogeton schweinfurthii in the Iberian Peninsula. Anales del Jardín Botánico de Madrid 69, 187 - 192. doi:10.3989/ajbm.2297 |
| Danihelka J., Chrtek J. Jr. & Kaplan Z. 2012: Checklist of vascular plants of the Czech Republic. Preslia 84, 647 - 811. |
| Hadinec J. & Kaplan Z. 2012: Stellaria pallida (Dumort.) Crépin. (Stellaria pallida (Dumort.) Crépin.) Zprávy České botanické společnosti 47, 138 - 142. |
| Chytrý M., Pyšek P., Kaplan Z. & Danihelka J. 2012: Flora and vegetation of the Czech Republic: introduction to special issue dedicated to the centenary of the Czech Botanical Society. Preslia 84, 393 - 396. |
| Juřica J., Kaplan Z., Prančl J., Doležal J. & Štech M. 2012: Filago vulgaris Lam. (Filago vulgaris Lam.) Zprávy České botanické společnosti 47, 90 - 92. |
| Kaplan Z. 2012: Flora and phytogeography of the Czech Republic. Preslia 84, 505 - 573. |
| Kaplan Z. 2012: Proposal to reject the name Potamogeton dimorphus (Potamogetonaceae). Taxon 61, 466 - 467. |