| Kaplan Z. 2005: Neotypification of Potamogeton ×fluitans Roth and the distribution of this hybrid. Taxon 54, 822 - 826. |
| Kaplan Z. 2005: Potamogeton schweinfurthii A. Benn., a new species for Europe. Preslia 77, 419 - 431. |
| Kaplan Z. 2005: Potvrzení výskytu Cardamine trifolia na Rychnovsku po 60 letech. (Cardamine trifolia rediscovered in the Rychnov nad Kněžnou district after 60 years.) Orchis 24/1, 2 - 9. |
| Kaplan Z. 2005: Výsledky floristického kurzu České botanické společnosti v Kostelci nad Orlicí (4.–10. července 2004). (Results of the floristic summer school of the Czech Botanical.) Zprávy České botanické společnosti 40, Příl. 2005/1, 1 - 76. |
| Kaplan Z. & Symoens J.-J. 2005: Taxonomy, distribution and nomenclature of three confused broad-leaved Potamogeton species occurring in Africa and on surrounding islands. Botanical Journal of the Linnean Society 148, 329 - 357. |
| Krahulec F., Kaplan Z. & Novák J. 2005: Tragopogon porrifolius x T. pratensis: the present state of an old hybrid population in Central Bohemia, the Czech Republic. Preslia 77, 297 - 306. |
| Kaplan Z. & Fehrer J. 2004: Evidence for the hybrid origin of Potamogeton ×cooperi (Potamogetonaceae): traditional morphology-based taxonomy and molecular techniques in concert. Folia Geobotanica 39, 431 - 453. |
| Kaplan Z. & Symoens J.-J. 2004: Proposal to conserve the name Potamogeton schweinfurthii A. Benn. (Potamogetonaceae) with a conserved type. Taxon 53, 837 - 838. |
| Kaplan Z. & Wolff P. 2004: A morphological, anatomical and isozyme study of Potamogeton ×schreberi: confirmation of its recent occurrence in Germany and first documented record in France. Preslia 76, 141 - 161. |
| Kaplan Z. & Zalewska-Gałosz J. 2004: Potamogeton taxa proposed by J. F. Wolfgang and his collaborators. Taxon 53, 1033 - 1041. |
| Prausová R., Husák Š., Kaplan Z., Adamec L. & Rybka V. 2004: Řešení záchrany poslední populace rdestu dlouholistého (Potamogeton praelongus Wulfen) v České republice. (.) Ochrana přírody 59, 82 - 86. |
| Pyšek P. & Kaplan Z. (eds.) 2004: Botanické studie věnované památce Emila Hadače / Botanical studies dedicated to the memory of Emil Hadač. Preslia 76, 193 - 290. |
| Kaplan Z. & Štěpánek J. 2003: Genetic variation within and between populations of Potamogeton pusillus agg. Plant Systematics and Evolution 239, 95 - 112. |
| Kaplan Z. 2002: Phenotypic plasticity in Potamogeton (Potamogetonaceae). Folia Geobotanica 37, 141 - 170. |
| Kirschner J. & Kaplan Z. 2002: Taxonomic monographs in relation to global Red Lists. Taxon 51, 155 - 158. |
| 2002: Mandák B. & Pyšek P. (2002): Reynoutria, křídlatka. – In: Kubát K., Hrouda L., Chrtek J. jun., Kaplan Z., Kirschner J. & Štěpánek J. (eds.), Klíč ke květeně České republiky, p. 201–202, Academia, Praha.. |
| 2002: Mandák B. (2002): Atriplex, lebeda. – In: Kubát K., Hrouda L., Chrtek J. jun., Kaplan Z., Kirschner J. & Štěpánek J. (eds.), Klíč ke květeně České republiky, p. 181–183, Academia, Praha.. |
| Kirschner J. & Kaplan Z. 2001: Proposals to reject the names Juncus cymosus, J. radicans, Luzula capillaris, L. hyperborea, L. interrupta, and Rostkovia brevifolia (Juncaceae). Taxon 50, 1193 - 1197. |
| Kirschner J. & Kaplan Z. 2001: Taxonomic and nomenclatural notes on Luzula and Juncus (Juncaceae). Taxon 50, 1107 - 1113. |
| Kirschner J., Novara L. J., Novikov V. S., Snogerup S. & Kaplan Z. 1999: Supraspecific division of the genus Juncus (Juncaceae). Folia Geobotanica 34, 377 - 390. |