| Šoun J., Bouda F., Kocourková J., Malíček J., Peksa O., Svoboda D., Uhlík P. & Vondrák J. 2015: Lišejníky zaznamenané během jarního setkání Bryologicko-lichenologické sekce ČBS na Manětínsku (západní Čechy) v dubnu 2014. (Lichens recorded during the spring meeting of the Bryological and lichenological section CBS in the Manětín region (Western Bohemia), April 2014.) Bryonora 55, 20 - 36. |
| Šoun J., Vondrák J. & Bouda F. 2015: Vzácné a málo známé druhy lišejníků Třebíčska a okolí. (Rare and little known species in the Třebíč region and surroundings.) Bryonora 56, 1 - 23. |
| Vondrák J. & Malíček J. 2015: Teloschistaceae Velké kotliny a Petrových kamenů v Hrubém Jeseníku. (Teloschistaceae of the localities Velká kotlina and Petrovy kameny in the Hrubý Jeseník Mts.) Bryonora 56, 45 - 55. |
| Vondrák J., Malíček J., Šoun J. & Pouska V. 2015: Epiphytic lichens of Stužica (E Slovakia) in the context of Central European old-growth forests. Herzogia 28, 104 - 126. |
| Vondráková O. & Vondrák J. 2015: Новые находки лишайников из Оренбургской области (Novyje nachodki lišajnikov iz Orenburgskoj oblasti). Novosti sistematiki nizšich rastenij 49, 231 - 238. |
| Fačkovcová Z., Palice Z., Vondrák J., Liška J. & Guttová A. 2014: Lišajníky cerovej vrchoviny (južné Slovensko). (The lichens of Cerová vrchovina Mts (southern Slovakia).) Bryonora 54, 22 - 42. |
| Halici M. G., Vondrák J., Demirel R., Ceylan A. & Candan M. 2014: Teloschistaceae (lichenized Ascomycetes) in Turkey II. - Some poorly known taxa. Supported by molecular data. Nova Hedwigia 98, 449 - 458. doi:10.1127/0029-5035/2013/0163 |
| Malíček J., Palice Z. & Vondrák J. 2014: New lichen records and rediscoveries from the Czech Republic and Slovakia. Herzogia 27, 257 - 284. doi:- |
| Malíček J. & Vondrák J. 2014: Příspěvek k poznání lichenoflóry Rašeliniště Jizery a Rašeliniště Jizerky. (Contribution to the knowledge of lichen flora of Rašeliniště Jizery and Rašeliniště Jizerky.) Bryonora 53, 16 - 26. |
| Muchnik E., Wilk K., Vondrak J. & Frolov I. 2014: Contribution to the knowledge of the Genus Caloplaca in Central European Russia. Polish Botanical Journal 59, 263 - 270. doi:10.2478/pbj-2014-0043 |
| Petrzik K., Vondrák J., Barták M., Peksa O. & Kubešová O. 2014: Lichens - new source or yet unknown host of herbaceous plant viruses? European Journal of Plant Pathology 138, 549 - 559. doi:10.1007/s10658-013-0246-z |
| Pirogov M., Chepelevska N. & Vondrák J. 2014: Carbonea in Ukraine. Біологічні Студії - Studia Biologica 8, 137 - 148. |
| Svoboda D., Halda J. P., Malíček J., Palice Z., Šoun J. & Vondrák J. 2014: Lišejníky Českého krasu: shrnutí výzkumů a soupis druhů. (Lichens of the Český kras/Bohemian Karst (Central Bohemia, Czech Republic): a summary of previous surveys and a checklist of the area.) Bohemia Centralis 32, 213 - 265. |
| Leavitt S. D., Fernandez-Mendoza F., Perez-Ortega S., Sohrabi M., Divakar P. K., Vondrák J., Lumbsch H. T. & St. Clair L. L. 2013: Local representation of global diversity in a morphologically cryptic lichen-forming fungal species-complex with a cosmopolitan distribution (Rhizoplaca, Ascomycota). Journal of Biogeography 40, 1792 - 1806. doi:10.1111/jbi.12118 |
| Malíček J., Berger F., Bouda F., Cezanne R., Eichler M., Kocourková J., Müller A., Palice Z., Peksa O., Šoun J. & Vondrák J. 2013: Lichens recorded during the autumnal bryo-lichenological meeting in Novohradské hory Mts in 2012. Bryonora 51, 24 - 35. |
| Steinová J., Bouda B., Halda J. P., Kukwa M., Malíček J., Müller A., Palice Z., Peksa O., Schiefelbein U., Svoboda D., Syrovátková L., Šoun J., Uhlík P. & Vondrák J. 2013: Lichens recorded during the 16th meeting of the bryological and lichenological section CBS in Slavkovský les mountains, April 2009. Bryonora 51, 1 - 14. |
| Vondrák J., Frolov I., Arup U. & Khodosovtsev A. 2013: Methods for phenotypic evaluation of crustose lichens with emphasis on Teloschistaceae. Čornomorskij botaničnij žurnal 9, 382 - 405. |
| Vondrák J., Frolov I., Říha P., Hrouzek P., Palice Z., Nadyeina O., Halici G., Khodosovtsev A. & Roux C. 2013: New crustose Teloschistaceae in Central Europe. Lichenologist 45, 701 - 722. doi:10.1017/S0024282913000455 |
| Vondrák J. & Kubásek J. 2013: Algal stacks and fungal stacks as adaptations to high light in lichens. Lichenologist 45, 115 - 124. doi:10.1017/S0024282912000722 |
| Vondrák J. & Liška J. 2013: Lichens and lichenicolous fungi from the Retezat Mts and overlooked records for the checklist of Romanian lichens. Herzogia 26, 293 - 305. |