Laboratoř průtokové cytometrie byla založena v září 2000. Zabývá se rychlým stanovením obsahu jaderné DNA (velikosti genomu) v relativních i absolutních jednotkách. Získané údaje jsou využívány ke studiu diverzity a dynamiky polyploidních komplexů cévnatých rostlin či ke zhodnocení evolučních a ekologických důsledků genomové duplikace (polyploidie) a variability v chromozomových počtech (aneuploidie). Další okruhy řešených otázek zahrnují studium vlivu velikosti jaderného genomu na vlastnosti organismů a stanovení způsobů reprodukce. Nespornou výhodou průtokové cytometrie je značná rychlost analýz, která umožňuje analyzovat rozsáhlé populační vzorky a získat tak informace o cytotypové variabilitě na různých úrovních organizace i na různých prostorových a časových škálách. Ve studiích je kladen důraz na propojení cytometrických technik s dalšími metodickými přístupy, zejména s molekulárními analýzami.

Přístrojové vybavení laboratoře čítá dva průtokové cytometry Partec PA II (s argonovým laserem 488 nm a rtuťovou UV výbojkou) a jeden průtokový cytometr Partec CyFlow Space (vybavený UV-čipem) využívané zejména pro stanovení stupně ploidie a průtokové cytometry Partec CyFlow SL a Partec CyFlow Space (oba vybavené diodovým laserem 532 nm) využívané zejména pro stanovení absolutní velikosti jaderného genomu.