Oddělení vzniklo v roce 2017 spojením dvou do té doby separátních oddělení, která se zabývala obdobnou problematikou – Oddělení genetické ekologie a Oddělení průtokové cytometrie. Nově vzniklá skupina je specializována na výzkum rozličných aspektů evoluce rostlin na mnoha hierarchických úrovních: počínaje I) změnami na úrovni jedinců a jejich genomů (horizontální přenos genů, endopolyploidizace, cytogenetika), přes II) studium mikroevolučních procesů na úrovni populací (interakce mezi cytotypy, fylogeografie, atd.), III) výzkum vzájemných vztahů na druhové úrovni (evoluce diploidně-polyploidních komplexů, hybridní speciace, molekulární systematika, atd.), až po IV) detekování evolučních sil uplatňujících se na rodové a vyšší úrovni (např. důvody rozdílné radiace).

Hlavním předmětem výzkumu jsou vlastní evoluční procesy a jejich vliv na rozpoznávanou biodiverzitu. Geograficky je výzkum zacílen především na Eurasii, rovníkové Andy a Kapskou květennou oblast. Základním principem práce je kombinace terénních, experimentálních a laboratorních přístupů. Nedílnou součástí oddělení je laboratoř průtokové cytometrie.