V našem výzkumu se věnujeme vývoji mokřadních a vodních ekosystémů, od podmáčených lesů, přes rašeliniště, slatiniště a rákosiny až k jezerům a tůním, a to převážně v období od pozdní doby ledové po současnost (ca v posledních 15 tisíc let). Náš výzkum probíhá především v Západních Karpatech a Panonii, ale má přesah i do jiných území jako jsou Jeseníky, Českomoravská vrchovina nebo Šumava. Mokřadní ekosystémy se dlouhodobě vyvíjely pod vlivem změn klimatu, přirozených i člověkem podmíněných disturbancí nebo přirozenou autogenní sukcesí spojenou s hromaděním sedimentu. K výzkumu využíváme analýzu zbytků organismů v organických sedimentech (rašelina, slatina, jezerní sedimenty). Nejčastější metodou je makrozbytková analýza, která je založena na determinaci makroskopických částí těl organismů, jako jsou pletiva, semena a plody rostlin nebo lodyžky mechorostů. Přítomnost a determinace dřeva nebo uhlíků nám pomáhá zjistit, zda na mokřadech rostly dřeviny a jaké. K rekonstrukci vývoje vegetace využíváme jako doplněk i pylovou analýzu, analýzu nepylových mikroskopických objektů a analýzu schránek rozsivek. Na výzkumu úzce spolupracujeme s Ústavem botaniky a zoologie Masarykovy univerzity, kde se kolegové zabývají dalšími taxonomickými skupinami, jejichž zbytky se v organických sedimentech také nacházejí (měkkýši, krytenky a pakomáři). Kombinace více skupin rekonstrukci zpřesňuje a umožňuje odhadovat změny teploty (pakomáři), vlhkosti (krytenky), vápnitosti (rostlinné makrozbytky, měkkýši) nebo úživnosti (rozsivky). K tomu využíváme tzv. přenosových funkcí, které jsou založené na druhovém složení recentních společenstev doplněném měřenými faktory prostředí. Zjištěné výsledky také propojujeme se současným složením společenstev a pokoušíme se zjistit, zda nejsou příčiny rozdílů způsobené odlišným vývojem v minulosti.

V posledních letech jsme intenzivně zkoumali historii karpatských vápnitých slatinišť. Na základě analýzy desítek lokalit jsme zjistili, že jejich stáří má vliv na výskyt vzácných druhů rostlin a mechorostů. Překvapivé zjištění bylo, že i staré lokality, kde se sediment začal ukládat již na konci doby ledové nebo v raném holocénu, mají poměrně dlouhou fázi lesního vývoje ve středním nebo mladším holocénu, a to i na lokalitách s hlubinnou cirkulací podzemní vody (Stankovany, Rojkov). Kontinuální holocenní bezlesí bylo doloženo pouze na lokalitě sycené termální vodou (Partizánské), na jedné lokalitě ve Spišské kotlině (Hozelec) a na Kubínské holi. Dnešní slatinná společenstva jsou tak do velké míry podmíněná lidskou činností zahrnující odlesnění a následné obhospodařování (kosení, extenzivní pastva). Tato zjištění jsou velmi důležitá pro strategii v ochraně přírody a naznačují nutnost uplatnění aktivního managementu napodobujícího tradiční obhospodařování v minulosti. Dále jsme zkoumali některá vrchoviště v Západních Karpatech, Jeseníkách a na Českomoravské vrchovině, která vznikala většinou ve středním holocénu, a to buď paludifikací (Puścizna Wielka, Vozka) nebo autogenní sukcesí z jiných typů rašelinišť (Dářko), kde je návaznost až do doby ledové. V Panonské nížině zkoumáme především dlouhodobou sukcesi vodních a mokřadních společenstev rostlin ovlivněnou zejména postupným, prostorově heterogenním, zaplňováním vodních těles (zaniklých jezer) převážně organickým sedimentem během pozdního glaciálu a holocénu (Šúr, Vracov). Dalším typem sedimentů, které zde zkoumáme, jsou nivní sedimenty a sedimentární výplně slepých ramen řek a potoků. Z nivních sedimentů stojí za zmínku nález časného lokálního výskytu dubu ca před 11 200 lety (Parížské Močiare). Specifickým sedimentárním prostředím jsou okolí vývěrů minerálních vod, kolem kterých se často soustředilo prehistorické osídlení, což umožňuje studovat vliv člověka na vývoj vegetace v blízkém okolí (Santovka). Zajímavé výsledky přineslo zkoumání sedimentu odebraného v rašelinné březině v Malých Karpatech, které odhalilo přítomnost jezírka a reliktních druhů v pozdní době ledové a holocenní kontinuitu podmáčeného březového lesa formovaného požárovými disturbancemi.