Pokusné zahrady

16. 11. 2020

Pokusná zahrada v průhonickém areálu Chotobuz slouží vědeckým oddělením ke shromažďování a pěstování rostlin z přírody a k experimentům s rostlinným materiálem. V neposlední řadě slouží zahrada již 15 let k záchrannému pěstování dnes již vyhynulého druhu české květeny, Ostericum palustre (matizna bahenní). V poslední době se využívá zejména k:

  • pěstování rostlin pro jejich taxonomické hodnocení za podmínek eliminujících jejich proměnlivost, způsobenou vlivem různého prostředí na přirozených stanovištích;
  • experimentům zjišťujícím reprodukční způsob a dědičnost (záměrná křížení a pěstování potomstva)
  • experimentům zjišťujícím biologické vlastnosti rostlin za definovaných a známých podmínek prostředí.

Zahrada je z velké části využívána i pro krátkodobější udržení rostlinných kultur, zpracovávaných ve zdejších laboratořích (laboratoř průtokové cytometrie, laboratoř isozymových analýz a laboratoř analýzy DNA). Vybavení pokusné zahrady umožňuje pěstování rostlin jak na venkovních plochách (část z nich má vybudovaný závlahový systém), tak ve čtyřech sklenících, z nichž dva jsou v zimě vytápěny. Obdobná zahrada zaměřená především na pěstování vodních a mokřadních rostlin je součástí třeboňského pracoviště.

Laboratoře molekulární biologie

16. 11. 2020

Lidé 

Laboratoře molekulární biologie vznikly od 1. 1. 2018 sloučením Laboratoře analýzy DNA s Laboratoří populační genetiky. Zajišťují vědcům z BÚ moderní zázemí potřebné pro analýzu DNA u rostlin a hub. Nabízejí široké spektrum technik izolace DNA z různých zdrojů (např. listů, kořenů, herbářových položek, houbových kultur, půdy) v různě velkých souborech (až po stovky vzorků), vybavení pro analýzu délky fragmentů DNA, Real-Time PCR, přípravu knihoven pro NGS a klonování. Kromě technického a materiálového vybavení zajišťuje personál laboratoří podporu při přípravě a řešení výzkumných projektů, a to od konzultací až po supervizi, analýzu dat a publikování výsledků, v závislosti na tématu a typu spolupráce.

Předmětem výzkumu je široké spektrum otázek v rámci ústavní vědecké činnosti (viz Vědecká oddělení), na které lze odpovědet s pomocí DNA markerů. Jde např. o objasnění příbuzenských vztahů mezi druhy, molekulární identifikaci druhů a hybridů, vývoj specifických molekulárních markerů pro jiné než modelové organismy, pochopení molekulární evoluce a intragenomických procesů, analýzu struktury populací a společenstev, modely introgrese apod.

Vedoucí laboratoře: Dr. Judith Fehrer

Analytické laboratoře

16. 11. 2020

Chemické analýzy jsou v Botanickém ústavu prováděny na dvou pracovištích, v analytických laboratořích v Průhonicích a v Třeboni. Obě laboratoře zajišťují analýzy pro potřeby ústavních grantů, doktorandské a diplomové práce s návazností na tyto granty i externí zakázky převážně pro pracoviště vysokých škol, institucí pro ochranu životního prostředí a ostatních ústavů AV ČR. Spektrum prováděných rozborů je limitováno přístrojovým vybavením, které se laboratoře snaží doplňovat a modernizovat podle potřeb zadavatelů. Metodiky používané v laboratořích BÚ jsou orientovány ke kompatibilitě s mezinárodními normami ISO, v případech sledování návaznosti výsledků na předešlé odběry, jsou respektovány původní metody. Pracovním programem laboratoří je kromě servisní činnosti i zavádění a modifikace nových metod a poskytování konzultací a odborné pomoci studentům vysokých škol.

Laboratoř Průhonice

Analytická laboratoř v Průhonicích provádí rozbory půd a rostlinného materiálu jednak z hlediska zjišťování celkového i dostupného obsahu nutričních analytů – vápníku, hořčíku, draslíku a dalších biogenních makro- i mikroelementů, jednak stanovení obsahu řady stopových prvků působících v půdách i rostlinách kontaminačně. Typickým zadáním jsou i srovnávací analýzy půdy a rostlinného biomasy ze stejné lokality pro sledování transportu živin a stopových prvků. Pro tyto analýzy jsou v laboratoři používány především fyzikálně chemické metody: pro stanovení kovů atomová absorpční spektrometrie s plamenným a elektrothermickým režimem, stanovení základních aniontů se provádí metodami UV-vis spektrometrie, izotachoforézy a průtokové fotometrické analýzy FIA, stanovení obsahu nekovových prvků (dusíku, uhlíku a síry) elementární analýzou a uhličitanů volumetrickou metodou. Chemické rozbory půd jsou doplňovány zrnitostní analýzou, stanovením pH, elektrické konduktivity, výměnné acidity, obsahu vody a organických látek. Pro zajištění validity výsledků laboratoř využívá komerčních standardů a referenčních materiálů a účastní se pravidelně mezilaboratorních srovnávacích testů. Na odborném programu laboratoře se kromě analýz pro granty pracovníků Botanického ústavu významně podílejí i práce pro potřeby Přírodovědecké fakulty UK, včetně poskytování instrukcí a pracovního prostředí při praktických cvičeních i individuálním zaškolení studentů do jednotlivých metodik.

Laboratoř Třeboň

Analytická laboratoř v Třeboni je zaměřena převážně na analýzy přírodních vod prováděných formou jednotlivých zakázek i monitoringu. V poslední době laboratoř rozšiřuje spektrum svých prací i na půdní analýzy, zejména na stanovení fyzikálně chemických parametrů. Ve vodách jsou zde prováděny především analýzy aniontů (dusičnany, dusitany, amonné ionty, fosforečnany) a humínových látek. Ke stanovení obsahu těchto analytů jsou používány metody průtokové fotometrie FIA a extrakční fotometrie. Laboratoř pravidelně ověřuje jejich validitu v mezilaboratorních testech ASLAB a CSLAB. Nabídka analýz vod je v současnosti doplňována dalšími metodami: odměrným stanovení síranů a stanovení chlorofylu trichromatickou metodou, průběžně jsou prováděna měření pH, elektrické konduktivity, chemické a biochemické spotřeby kyslíku, neutralizační kapacity, obsahu rozpuštěných a nerozpuštěných látek, ztráty žíháním a dalších parametrů. Kromě chemických analýz je v laboratoři prováděn i screening vzorků řas pomocí miniaturizovaných biotestů (stanovení toxicity a trofického potenciálu). Dlouhodobě se laboratoř podílí na zajišťování pravidelných kurzů UNESCO organizovaných třeboňským pracovištěm BÚ a ekologických aktivitách Komise pro životní prostředí rady města Třeboň při monitorování kvality vod.

Laboratoř Brno

Analytická laboratoř v Brně slouží jako analytické zázemí při řešení grantových projektů Botanického ústavu. Laboratoř je součástí Společného pracoviště s Přírodovědeckou fakultou Masarykovy univerzity v Brně a je využívána také studenty a pracovníky PřF MU. Disponuje jedním laborantem.
Laboratoř provádí několik typů analýz rostlinného a půdního materiálu a vzorků vody. Jde o základní analýzy lyzimetrických vod – stanovení hodnot pH, vodivosti a obsahu vápníku a hořčíku klasickou metodou chelatometrie. Uskutečňuje se také zpracování půdních vzorků pro analýzy (sušení, přesívání, mletí). U půdních vzorků se stanovuje pH (v H2O a KCl) a množství organické hmoty spalováním. Laboratoř je vybavena sušícími boxy a moderními váhami ke stanovení hmotnosti sušiny nadzemní i podzemní biomasy. Je zde zázemí k praní kořenů, plavení půdních sedimentů a rozboru zrnitostních frakcí. Laboratoř rovněž slouží ke třídění nadzemní biomasy a nerozložených opadů rostlin a k jejich přípravě pro chemické analýzy (mletí vzorků), které jsou zadávány mimo laboratoř.

Paleoekologická laboratoř

20. 10. 2020

Paleoekologická laboratoř se zaměřuje na výzkum dynamiky vegetace a přírodního prostředí během posledních 10 tisíc let, s přesahy do starších období. Geografickým prostorem studia je především střední Evropa. Hlavními řešenými otázkami jsou původ a vývoj hlavních vegetačních typů, dlouhodobé změny lesa a bezlesí a prehistorický vliv člověka na vegetaci. Paleoekologický výzkum je soustředěn na Oddělení vegetační ekologie Brněnského pracoviště Botanického ústavu AV ČR, kde má více než půl století dlouhou tradici. Více viz http://ekolbrno.ibot.cas.cz/historie/

Paleoekologická laboratoř využívá jako základní přístupy palynologii a analýzu makrozbytků. Vzorky určené k analýze jsou připravovány přímo na pracovišti, k determinačním účelům slouží dvě srovnávací sbírky a odpovídající vybavení mikroskopovací technikou. Bližší informace najdete pod níže uvedenými odkazy. Zájemci o spolupráci, případně zpracování vzorků nechť prosím kontaktují vedoucí Paleoekologické laboratoře E. Jamrichovou nebo vedoucího Oddělení vegetační ekologie R. Hédla.

 

Laboratoř: http://ekolbrno.ibot.cas.cz/laboratore/

Sbírky: http://ekolbrno.ibot.cas.cz/sbirky/

Ceník zde.

 

Kontakty:

RNDr. Eva Jamrichová, Ph.D.

e-mail: eva.jamrichova(at)ibot.cas.cz

telefon: 541126223