Oddělení
- Centrum pro algologii – Třeboň
- Oddělení ekologie invazí
- Oddělení evoluční biologie rostlin
- Oddělení experimentální a funkční morfologie
- Oddělení funkční ekologie – Třeboň
- Oddělení geoekologie
- Oddělení mykorhizních symbióz
- Oddělení populační ekologie
- Oddělení taxonomie
- Oddělení vegetační ekologie – Brno
- Oddělení experimentální fykologie a ekotoxikologie – Brno