Jak přečíst sekvence z nekultivovatelných sinic
Některé organismy je snadné zkoumat, jiné se tomu zase zuby nehty brání. Značnou část sinic – tedy bakterií, které jsou skvělé v kyslíkaté fotosyntéze – není vůbec snadné izolovat a pěstovat je v kultuře. Některé sinice sedí v tlustém slizovém obalu a pohne s nimi jen máloco. K tomu, aby takovým sinicím bylo možné přečíst sekvence DNA, to chce velkou porci důmyslu a také nezbytné štěstí.
Jan Mareš a Tomáš Hauer z Botanického ústavu AV ČR v Třeboni spolu s dalšími kolegy vyvinuli postup, jak pomocí skleněné kapiláry vytáhnout ze stélek sinic rodů Petalonema a Stigonema sebraných v přírodě jednotlivé buňky pro získání DNA. Sekvence v ní obsaženého genu pro takzvanou 16S rRNA se běžně používá ke studiu evoluce sinic. Nové postupy čtení sekvencí nekultivovatelných sinic otevírají nové možnosti pro systematiku sinic a možná se budou hodit i bioinženýrům, kteří po sinicích často pokukují. Právě sinice by se totiž mohly stát výbornými producenty biopaliv nebo i dalších biomateriálů.
Sinice Petalonema alatum se slizovým obalem. Foto I. Dadáková
Mareš J., Lara Y., Dadáková I., Hauer T., Uher B., Wilmotte A. & Kaštovský J. 2015. Phylogenetic analysis of cultivation-resistant terrestrial cyanobacteria with massive sheaths (Stigonema spp. and Petalonema alatum, Nostocales, Cyanobacteria) using single-cell and filament sequencing of environmental samples. Journal of Phycology 51: 288–297.
DOI: 10.1111/jpy.12273
Kontakt: RNDr. Jan Mareš, Ph.D. (jan.mares_at_centrum.cz)