Laboratoře, vybavenost a metody výzkumu

Zaměření ׀ Lidé ׀ Grantové projekty ׀ Publikace ׀ Laboratoře

Vzhledem k zaměření na planktonní fotoautotrofní organismy je naše oddělení vybaveno zařízeními pro terénní odběry i laboratorní kultivaci řas a sinic, jejich všestrannou analýzu i dlouhodobé uchovávání.

Laboratoř chromatografických analýz

Základem laboratoře jsou tři kapalinové chromatografy od společnosti Agilent Technologies (Santa Clara, California, USA)Agilent 1100 Series, Agilent 1260 Infinity a chromatograf s tandemovou hmotnostní detekcí Agilent 1260 Infinity + Agilent 6460 Triple Quadrupole LC-MS/MS. Jejich úkolem je detekce a kvantifikace cyanotoxinů z přírodních i laboratorních vzorků, detekce stopových množství látek s potenciální estrogenní nebo endokrinně-disruptivní aktivitou a dalších mikropolutantů.

Fluorescenční laboratoř

Fluorescenční laboratoř zahrnuje přístroje využívající zejména fluorescenci chlorofylu pro detekci a kvantifikaci fytoplanktonu a nebo pro stanovení jeho fotosyntetické aktivity. Detekčními nástroji jsou ponorné terénní sondy FluoroProbe a BenthoTorch od společnosti bbe Moldaenke GmbH (Schwentinental, Německo), pro měření fotosyntetické aktivity jsou využívány přístroje firmy Photon System Instruments s.r.o. (Brno, ČR) FluorCam MF700, fluorometr FL3500 Fast a malé terénní fluorometry AquaPen AP100 ve verzi kyvetové (AP-100 C) a s ponornou optickou sondou (AP-100 P).

Laboratoř průtokové cytometrie

Srdcem laboratoře je průtokový cytometr Partec CyFlow ML (Sysmex – Partec GmbH, Münster, Německo), využívaný pro cytometrické analýzy bakterií, sinic a řas z laboratorních kultur i přírodních vodních vzorků.

Laboratoř buněčné a molekulární biologie a biochemie

Laboratoř je vybavena pro všestrannou práci s buněčnými kulturami nejen sinic a řas, ale také např. bakterií nebo kultur buněk dalších organismů.  K dispozici jsou zde cirkulační a laminární flow-box pro sterilní práci s buněčnými suspenzemi a také inkubátory s možností kultivace při zvýšené hladině CO2. Výzkum cytotoxicity, biomarkerů a signálních molekul umožňuje vybavení pro elektroforetickou separaci proteinů, Western-blotting a imunocytochemické metody, a také mikrodestičkové spektrofotometrické readery Tecan Sunrise a Genios (Tecan, Maennedorf, Švýcarsko) nebo inverzní mikroskop Olympus IX51 (Olympus, Tokyo, Japonsko).

Mikroskopická laboratoř

Pro mikroskopická pozorování jsou využívány přístroje společnosti Olympus (Tokyo, Japonsko) – binokulární stereolupa SZX7 pro makroskopická pozorování a fluorescenční mikroskop BX60, využívaný při epifluorescenčních analýzách.

Biologicko – chemicko – ekotoxikologická laboratoř

Součástí této laboratoře je klimatická komora Sanyo MLR 351 (Panasonic, Japonsko), dále kultivační místnost pro udržování kultur sinic a řas, a také akvária pro chov drobných bezobratlých živočichů (Daphnia magna, Ostracoda a další) využívaných zejména v ekotoxikologických biotestech. Kromě testů toxicity je laboratoř vybavena také spektrofotometrem Hach-Lange DR 2800 s příslušnými kity pro stanovení různých fyzikálně-chemických vlastností vody.

Společné laboratorní vybavení

Pro všeobecné využití jsou v laboratořích k dispozici různá zařízení např. pro zpracování nebo uchování vzorků: ultrazvukový trnový dezintegrátor Bandelin Sonoplus HD2070, chlazená centrifuga Hettich Rotina 28R, lyofilizátor Heto PowerDry LL3000, rotační vakuová odparka Heidolph, autokláv Systec DB23, horkovzdušná sušárna/sterilizátor Memmert Ulm500, orbitální třepačky značek GFL a IKA, jedno-i vícemístné magnetické míchačky IKA, kryobox, olejové vývěvy, peristaltická čerpadla, pH metry a další drobné laboratorní přístroje.

Terénní vybavení

Součástí naší práce je také vzorkování a měření různých parametrů vody, sedimentů a fytoplanktonních nebo fytobentických společenstev na řadě vodních ploch zejména v Brně a blízkém okolí. K těmto účelům je využívána multiparametrická sonda YSI 6000 a různé typy ponorných vzorkovacích zařízení – Andělova tyč na vzorkování vody u hladiny, planktonní sítě na sběr biomasy, ponorné odběráky na vzorkování bahna a sedimentů a další.