LABORATOŘ ANALÝZY DNA


Obr. 1: Fluorescenčně barvené chromozomy hybridů trav

Laboratoř analýzy DNA poskytuje servis pro potřeby výzkumu vědeckým pracovníkům Botanického ústavu AV ČR, zahrnující návrhy projektů, práci v laboratoři, analýzu dat, interpretaci, a podílí se na jejich publikaci. Dále dává k dispozici laboratoř a základní technickou podporu pro zkušené vědecké pracovníky Botanického ústavu.

Molekulárně-genetické metody

Izolace DNA – DNA se izoluje z rostlin, lišejníků a hub, a to z jejich kořenů, listů, spór a kultur. Materiál na izolaci může být čerstvý, uchovávaný v silikagelu nebo CTABu nebo jako herbářová položka. Používají se různé metody, například Sorbitolová extrakce nebo kity.

PCR – metoda sloužící k amplifikaci (zmnožení) úseků DNA. PCR probíhá v přístrojích termocyklerech, které řídí změny teplot potřebné k amplifikaci DNA (obr. 2 ). V naší laboratoři se jedná o úseky jaderné DNA (například geny, nekódující úseky, mikrosatelity), mitochondriální nebo chloroplastové DNA.

Sekvenace – PCR produkt se poté posílá do zahraničních firem na sekvenaci, tj. zjištění pořadí nukleových bází, na jejichž základě lze mimo jiné identifikovat druhy a hybridy a objasnit druhové vztahy (molekulární fylogeneze).

Klonování – úseky DNA se zkopírují a namnoží pomocí systému živých buněk. Cizí DNA rostlin nebo hub umožňuje vložit do živých kompetentních buněk E. coli plasmidový vektor. Naše laboratoř má oprávnění pro práci s geneticky modifikovanými organismy, se kterými manipulujeme pouze ve sterilních podmínkách ve flow-boxech (obr. 3 ).


Obr. 2: Přístroje na amplifikaci DNA
Obr. 3: Laboratorní sterilní prostor na klonování

In situ hybridizace – cytogenetická metoda, která slouží k lokalizaci úseků DNA na chromozómu. Princip FISH metody spočívá v navázání sondy (krátkého, značeného úseku DNA) na vlákno DNA, které bylo předtím zdenaturováno. Preparáty se poté pozorují pod fluorescenčním mikroskopem. Barvení celých chromozómů (metoda GISH) slouží například ke zjišťování rodičů hybridů.

Real-time PCR – je PCR reakce pro kvantifikaci DNA monitorovaná v reálném čase, která probíhá ve speciálním přístroji. Využívá se značených sond, které se váží na určité sekvence, a přístroj tak detekuje množství naamplifikované DNA v každém cyklu na základě intenzity fluorescenčního signálu.

• • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • •

Kontakt:
Ing. Veronika Bambasová (veronika.bambasova@ibot.cas.cz; Laboratoř analýzy DNA),
prom. biol. Judith Fehrer, Ph.D. (fehrer@ibot.cas.cz
; Laboratoř analýzy DNA)

K molekulárně-biologickým metodám a jejich využití v botanice se vrátíme v některém z příštích čísel časopisu.

Pozn.: PDF nemusí být správně zobrazeno v některých internetových prohlížečích (např. Mozilla).
Pro správné zobrazení otevřete soubor v programu Adobe Reader.

• • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • •